Франц Петер Шуберт родился в пригороде Вены в семье учителя приходской школы Лихтенталя, музыканта-любителя. Отец его, Франц Теодор Шуберт, происходил из семьи моравских крестьян; мать, Элизабет Шуберт (урождённая Фиц), была дочерью силезского слесаря. Из их четырнадцати детей девять умерли в раннем возрасте, а один из братьев Франца — Фердинандтакже посвятил себя музыке.
Франц очень рано проявил музыкальные способности. Первыми его наставниками стали домочадцы: отец учил играть на скрипке, а старший брат Игнац — на фортепиано. С шести лет он учился в приходской школе Лихтенталя. С семи лет он брал уроки игры на органе у капельмейстераЛихтентальской церкви. Регент приходской церкви М. Хольцер учил его пению.
Благодаря своему красивому голосу в возрасте одиннадцати лет Франц был принят «певчим мальчиком» в венскую придворную капеллу и в Конвикт (школу с пансионом). Там его друзьями стали Йозеф фон Шпаун, Альберт Штадлер и Антон Хольцапфель. Венцель Ружичка преподавал Шуберту генерал-бас, позже Антонио Сальери взял Шуберта к себе на бесплатное обучение, преподавал контрапункт и композицию (до 1816 года). Шуберт занимался не только пением, но и познакомился с инструментальными произведениями Йозефа Гайдна и Вольфганга Амадея Моцарта, так как он был второй скрипкой в оркестре Конвикта.
Вскоре проявился его талант композитора. С 1810 по 1813 годы Шуберт написал оперу, симфонию, фортепианные пьесы и песни.
В учёбе Шуберту тяжело давались математика и латынь, и в 1813 годуего отчислили из хора, так как ломался голос. Шуберт вернулся домой и поступил в учительскую семинарию, которую окончил в 1814 году. Затем устроился преподавателем в школу, где работал его отец (в этой школе он работал до 1818 года). В свободное от работы время он сочинял музыку. Изучал преимущественно Глюка, Моцарта и Бетховена. Первые самостоятельные произведения — оперу «Увеселительный замок сатаны» и мессу фа мажор — он написал в 1814 году.